A partir del 2001 un grupo de científicos estadounidenses comenzó a sobrevolar el lago Vostok a baja altura, con el fin de estudiar la actividad magnética que se verifica por allí. Durante estos sobrevuelos, se descubrió una poderosa anomalía magnética en la zona SO del lago. La discrepancia se calculó en 1000 nanoteslas, una cantidad enorme, cuyas causas son ignotas. Otra característica de la anomalía es su extraordinaria amplitud, ya que se extiende por unos 166 kms. cuadrados.
Inicialmente se intentó explicar la anomalía magnética a partir de causas naturales:
- Michael Studinger, de Columbia University, sostuvo que muy probablemente, la corteza terrestre es muy delgada en el fondo del lago. Por tanto, la cercanía con el manto causaría un aumento de la actividad magnética.
- El geólogo Ron Nicks sostiene, en cambio, exactamente lo contrario: la delgadez de la corteza y la consiguiente cercanía del manto causarían un calentamiento de la costra misma y esto debería reducir la actividad magnética en vez de aumentarla.
- Según el profesor Thomas Gold (revista Nexus Australia), la anomalía sería causada por una excepcional concentración de xenón, argón y metano, que provendría justamente del manto.

Si se extrajera la capa de hielo que cubre al lago Vostok se produciría una inmensa explosión de metano (como ya sucedió en el Ártico), y la consiguiente dispersión de los gases mencionados en la atmósfera podría provocar imprevisibles daños al planeta.